非極性色譜柱按照極性分類，主要是非極性、弱極性、中等極性和強極性色譜柱。按照固定相分類，主要是聚硅氧烷、聚乙二醇、其他。根據機理分類，主要是WCOT(氣-液分配色譜)和PLOT(氣-固吸附色譜)。PLOT柱主要用于氣體以及揮發性化合物的分析。
 

　　此外近些年的文獻中，對于其他固定相色譜柱的研發也在不斷更新，例如離子液體固定相、金屬有機框架固定相、碳納米管材料固定相、環糊精及其衍生物固定相等，而且新型的固定相亦有部分實現了商品化。實際應用中，目前應用廣泛，占比大的固定相為5%苯基95%聚二甲基硅氧烷，既商品化的-5/-5ms型色譜柱。
 

　　如何選擇固定相呢，一般原則是相似相容原則，即非極性色譜柱保留非極性化合物，極性色譜柱保留極性化合物，實際使用時還需要活用這個原則。實驗室多數樣品的組成都很復雜，既有非極性化合物，也有極性化合物。那么此時固定相選擇的技巧是所選固定相的極性強度必須能避免保留時間過長，還能保證各組分間的良好分離。此時需要對每種固定相的保留能力及分離度*了解。因此除了極性以外，還要分析各物質之間的作用力，即電負性、色散力、偶極作用力和氫鍵作用力。例如在分離苯系物時想要實現二甲苯三種物質的分離，可以選擇聚乙二醇固定相的柱子，并非聚二甲基硅氧烷的柱子。
 

　　非極性色譜柱分離順序不同：非極性柱分離順序主要是根據試液沸點，而氣相色譜柱極性柱子分離順序除了沸點之外還和物質的極性有關系。使用溫度比氣相色譜柱非極性柱子的使用溫度更低，這特性使得氣相色譜柱非極性柱子更適合沸點高的物質分析。